方陣武器を考えてみる。
攻撃力計算機利用です。

◆前提条件
以下の通り、初心者が集めやすい数値設定としました。
(ガチャSSR無凸、SR方陣3凸ぐらいの数値を並べ、アンノウン系は持っていない)
属性にもよるが方陣6本ぐらい並べるのが良い物が多いらしいので6本。

全武器ATK1200 使用武器のみ得意
方陣6本 攻刃大4本 召喚石は合計攻撃力5000

属性は討滅戦やガチャSSRの無凸40%と討滅戦3凸50%。
マグナはワンパンラッキーで入手した無凸50%も含めて計算してみます。

フレ石は属性40とします。

◆Skill ALL1(方陣18/攻刃24)
属性40 +属性40/58575
属性50 +属性40/61829
マグナ50 +属性40/49033
マグナ100+属性40/52508

◆Skill ALL5(方陣42/攻刃40)
属性40 +属性40/79584
属性50 +属性40/84005
マグナ50 +属性40/71052
マグナ100+属性40/80206

◆Skill ALL10(方陣72/攻刃60)
属性40 +属性40/110168
属性50 +属性40/116289
マグナ50 +属性40/103621
マグナ100+属性40/121555
(参考)マグナ100+マグナ100/112445


◆まとめ
この3つだけだとSkill Level(以下SL)10まで属性を逆転出来ませんでした。(自分もサポも属性石40の場合はSL5で抜ける)
実際はSL8からマグナ100入りの方が強くなります。
ただSSRのスキル上げは素材量が大変なので実際は上げやすいSRの方を先行して上げていくと思いますし、条件次第でSL5〜6ぐらいからは並びそうな感じもします。
この前提条件ではマグナ50はどう頑張っても属性40に負けます。

光闇はSR方陣攻刃が無いことと、ガチャで属性100%石があるため余計にマグナ染めは難しいと思います。
サポ石で属性40を持っているならマグナ50より優先しましょう。またマグナ100になってもRankが低いうちは属性の方が効果が高いフレの方が多いと思います。
更に言うなら、そこまで装備を揃えているフレなら自身でマグナ100は持っている可能性が高いので属性40の方を使いたいとなり、方陣武器を揃え始めたぐらいの人だとマグナ石をセットする意味はほとんどありません。