最終的な方陣武器の本数は属性によって変わるようです。
これは属性ごとの武器自体の性能やアンノウン武器の有無によって変わるためです。
つなぎのSR3凸は大体5本ぐらいは作っても損しないと思います。状況次第ですがSRのスキルLv(SL)は5〜6ぐらいで止めて、最終的にSSRの餌にします。
(餌にした場合、SL分の本数と同じ扱いになります。例えばSR武器(SL3)を餌にすると、SR武器(SL1)の3本分のスキル上昇確率が上がります)

並べる本数などの詳しい計算はしていないので絶対損したくない場合は別の場所で必要本数などを調べてください。

また計算方法がかなり複雑なので自分の数値を知りたい場合はグラブル攻撃力計算機で調べるしかないです。(ゲーム内の攻撃力はスキルは計算されてません)

■火
レア 名前 種類 スキル ATK(得意時)
SR コロッサスブレイカー 短剣 方陣 1340(1608)
SR コロッサスハーケン 斧 方陣 1470(1764)
SR コロッサスフィスト 拳 方陣 1310(1572)
SSR コロッサスケーン・マグナ 杖 方陣2 1960(2352)
SSR解放 コロッサスケーン・マグナ 杖 方陣2 2290(2748)

最終的にSSR杖を並べるのですが、攻撃力が非常に低いため無凸SSR杖だとSR短剣や斧3凸を並べたほうが強いと言われています。
まずSR3凸を作っておいて、杖を1凸して並べていきます。
SR武器は好みで良さそうですが、使うジョブが偏ってる場合は得意武器を選びましょう。特に短剣は得意ジョブが多いです。
※武器構成によってはスキルレベルが同じでもSR3凸短剣(得意)よりもSSR無凸杖の方が数値が良くなることもあるようです。詳細な計算はしていませんが通常攻刃40、アンノウン20程度でそうなりました。

※2017/01 追記
最近はアテナ武器を並べる方が流行っています。アテナ武器も簡単には集まらないので序盤はコロ杖を集めると思いますが、アテナやシヴァを持っているなら3凸3本程度にしてアテナ狩りメインにしても良いかもしれません。
※追記ここまで

■水
レア 名前 種類 スキル ATK(得意時)
SR レヴィアンスパイン 槍 方陣 1285(1542)
SR レヴィアンゲイズ 短剣 方陣 1340(1608)
SR レヴィアンマズル 銃 方陣 1505(1806)
SSR レヴィアンゲイズ・マグナ 短剣 方陣2 2155(2586)
SSR解放 レヴィアンゲイズ・マグナ 短剣 方陣2 2520(3024)

SR槍は弱すぎるので短剣か銃を並べる。短剣は得意職が多いので扱いやすい。
SRは豊富なのにSSRは短剣のみになり時間がかかる。


■土
レア 名前 種類 スキル ATK(得意時)
SR 世界樹の幹甲 拳 方陣 1315(1578)
SSR 世界樹の晶剣・マグナ 剣 方陣2 2270(2724)
SSR解放 世界中の晶剣・マグナ 剣 方陣2 2650(3180)
SSR 世界樹の雫枝・マグナ 杖 方陣/守護 1945(2334)
SSR解放 世界中の雫枝・マグナ 杖 方陣/守護 2270(2724)

SRが拳しかなくあまり強くない。
土に有利な風は強化しやすいので風を強化してから速めにマグナをまわすのが良さそう。
SSR杖は方陣1なのでSSR剣を並べていく。安定性を上げたい場合は杖を1本入れると良いようです。


■風
レア 名前 種類 スキル ATK(得意時)
SR ティアマトブレード 剣 方陣 1375(1650)
SR ティアマトアムード 斧 方陣 1440(1728)
SR ティアマトボルト 銃 方陣 1475(1770)
SSR ティアマトボルト・マグナ 銃 方陣/背水 2245(2694)
SSR解放 ティアマトボルト・マグナ 銃 方陣/背水 2930(3516)
SSR ティアマトガントレ・マグナ 格闘 方陣2 2130(2556)
SSR解放 ティアマトガントレ・マグナ 格闘 方陣2 2560(3072)

SRが豊富。剣は得意ジョブが多く、斧銃は火力が高いので出てきたものから並べてしまうのも手。
SSRは格闘と銃。単純に並べると方陣2の格闘の方が上だが、銃には背水がついているためHP75%前後から格闘を上回る。好みにもよるが銃を並べる方が好まれている。
ただSSRは集めにくいので格闘の方は入手次第3凸して一緒に並べてしまっても長く使えると思われます。

風属性はカジノで入手可能な石アナトがあるためサポ石に選ぶことで序盤から戦力が高くなりやすく、土属性のユグドラはHPが低いので少し強化すれば土を集めやすいのも特徴です。


■光
レア 名前 種類 スキル ATK(得意時)
SSR シュヴァリエブージ・マグナ 銃 方陣2/守護 2440(2928)
SSR シュバリエハープ・マグナ 楽器 方陣2 2005(2406)
SSR シュヴァリエソード・マグナ 剣 神威 2275(2730)
SSR解放 シュヴァリエソード・マグナ 剣 神威/攻刃小(Lv120) ?(?)

SR方陣攻刃の武器はありません。
神威(公式発表で『しんい』と読むとのこと)は方陣2より弱めですが、解放してしまえば通常攻刃のついてる剣がダントツです。(輝き交換がシュヴァ剣だけ1回限りの4個限定なのを見れば強さが分かると思います)ただし3凸+解放がいるため揃えるのが凄まじく困難です。
楽器は得意武器でも銃に負けるので、とりあえず銃を並べていくことになると思います。
光闇のSSRは入手自体が大変なので楽器を手に入れたら凸して一緒に並べておいても長く使えると思います。

マグナのギミックがややこしく、四属性よりもドロップ率も低いなど最初から集めるのは困難であるため、基本的に四属性から集めることが推奨されています。
他の理由としては属性石にルシファー(100%アップ)を使うと通常攻刃でも長く使えること、古戦場武器は変更しない限り全て光属性で集めやすい、また基本的に光闇のイベントは少ないなどの理由があると思います。


■闇
レア 名前 種類 スキル ATK(得意時)
SSR セレストホーン・マグナ 槍 方陣2 2100(2520)
SSR セレストザグナル・マグナ 斧 方陣2/見切 2405(2886)
SSR セレストクロー・マグナ 格闘 方陣/背水 2145(2574)

光と同じくSR武器がありません。
見た目は斧の方が強くなりますが、背水の関係でHP80%前後から格闘の方が強くなります(セレストバハ運用の場合)。
バハバハ運用の場合75%前後になるようです。闇はHPを減らして運用することがあまりなく、バハバハ運用であるならば斧染め(or1爪ぐらい)も選択肢に入ります。

※2017/01 追記
最近は水着ゾーイ、闇ジャンヌなどの影響もあり背水運用が基本になっています。
その影響で、斧よりも拳染めが主流になりつつあります。
※追記ここまで

槍についてる背水は風なので注意。

闇よりも光を優先する人が多いように感じます。
これは光に比べて優秀な闇キャラが少ないこと、属性石のバハムート(100%アップ)の存在、マグナのギミックの面倒さ、イベントで光属性の敵であることがほとんど無いなどの理由がありそうです。


■補足
解説はあくまでも理想的な話です。
SR武器はつなぎ前提なので一種だけ集めず最初に出てきた物を優先して使うのも良いと思います。(SR武器はSSR集めてる間に集まるのでどうしても集まらず、少しでも強化したければ乗り換えを検討するなど)

真の理想はマルチ参戦でいきなりSSR集めることですが、相当リアルラックが良くないと時間がかかります。(ワンパン参戦だと10戦、20戦しても落ちないのが当たり前)
またSSR武器を集めるために自発してもMVP/準MVPのボーナス箱が取れないので効率も落ちます。最低でもSR方陣武器2〜3本、無課金微課金であるならガチャ武器も手に入らないので4〜5本を手に入れる方が近道です。
SR方陣を揃える最低目安としてはマグナ自発時にMVP箱が取れる(ソロで半分程度は削れる)戦力です。

また、守護のついているSSR武器は3凸して1本(余裕あれば2本)取っておくと良いかもしれません。
今後HPが不足してきた時にすぐ対応可能となります。またソロで高難度ボスをやりたい場合などは使うことがあるようです。

輝き交換は入手難易度の高い闇≧光>火水>風土の順で取るのが無難とされています。もちろん育ててる属性があるなら優先して取るのが良いでしょう。
また団に所属しているならば次の団イベの属性にあわせて強化するのもありだと思います。その場合、団イベは3カ月に2回程度の頻度で開催され、輝き交換が月2本ぐらいになりますので、交換だけで一気に強化することは出来ませんのでご注意ください。