組合せ表をwikiに追加しました。
こちらから。
細かい数値はwikiの方で確認してください。

マグナと属性石どっちが良いの?という記事です。
ゼウスとか神石と呼ばれる石はまだ関係無いぐらいの人向けの記事です。
(サポート石にセットする場合は相手が選ぶので少し言及しています)

2018/04 追記、修正しました

■光闇の場合
自石次第ではありますが、方陣攻刃が40前後からマグナ属性運用がよくなります。
ただし方陣武器が非常に出にくいため、ここまでが結構長いです。

■4属性の場合
光闇と同じく、方陣攻刃が40前後からマグナ属性運用になると思います。
SR方陣を5、6本並べてSSR狙いになってくる頃に大体40に届くので属性50の石が無いならば、マグナ石運用になります。
(属性石の強化次第ではある程度育つまで属性石とマグナ石を入れ替えつつ使うことになります)

■マグナマグナの場合
マグナ属性50を越えるのが方陣101、マグナ属性60を越えるのが方陣201と無理。
※方陣兇良雋錣SLv10で6本並べて方陣90です

方陣背水も載る風ですら、マグナ80との比較になるとティア銃8本並べて全部SLv10、HP25%まで低下しても負けます。

しばらくはマグナマグナ編成は考える必要がないと思います。
と言っても、かなり先になりますがマグナ2の実装により、最終編成にマグナマグナの選択肢が出来ました。

■サポート石(サポ石)の登録について
プロフィールからサポ石を登録出来ます。サポ石はフレンドが選ぶ石です。
最近Rank120付近でも(白兎やシルベルは除く)SR石や無凸40%みたいな物しか設定していない人が多い気がします。再設定を忘れてるだけなのか、イベント石をセットし忘れてるのか、討滅戦に気付かないのかは分からないですが、登録自体知らないのかと思われるので設定は必ず行いましょう。
特に編成で使用している石がルシフェルなど強力な石なのにサポ石はSRだったりすると申請が許可されることはほぼありません。

時々、マグナ石を並べてる人がいますが、基本的にマグナ石は方陣武器を集めていると3凸します。
そのため自力でマグナ石を持っていることが多く、フレ申請が通りやすいランク帯の人としては(序盤は)属性石を登録して欲しい人が多いと思います。
ただし、強い石が無い場合は3凸したマグナ石を登録しておくと一番無難です。

風は3凸すると属性80であるアナトが比較的簡単に(カジノで)入手出来るため、自分がアナト、フレ石でマグナという使い方をする人もいるかもしれませんが、基本的には属性石をセットする方が利用されることが多いです。

フレ申請が全く通らないという方は、無課金ならエクストラクエストの討滅戦をやって3凸し50%石で埋めるだけでフレ申請が通りやすくなると思います。
(自分が持ってないけど)バハルシ持ちなどに申請通したいなら、その後60%石をいくつか作るかカジノでアナト3凸を作りたいです。

イベントで手に入る石をセットしたい場合は3凸しデメリットを消さないと使われることはほぼありません。始めたばかりの頃のイベントだと3凸まで到達出来ないことも多いのが難点。
最近はイベント石も強い物が増えてきましたので、討滅戦よりもイベントを頑張る方が良いかもしれません。

セットする石のLvは借りる側には関係無いのでLv1で構いません。

フリー枠については白兎、シルフィードベル、カグヤ(課金石)、グランデ(課金石)、ケットシー(GP交換)などがよく置かれます。また神石と120石を同じ属性で両方持ってる場合は、ここに置く人もいます。
シルベルが一番入手難易度が低いのですが、あまり使う機会が無いため、白兎頑張るか、運よく引けたらカグヤを設定するのが一番良いです。次点でグランデが良いと思いますが、グランデは初心者向けの石なので高ランクの人が登録してくれるのを狙うのは微妙かもしれません。
(※2016/11 白兎の入手難度がかなり低下しました)
フリー枠は2つ分登録出来ますが、良い物がなければ1つだけ登録して開けておきましょう。

神石も持ってる場合は、持ってるよというアピールでセットしておくのも悪く無いかもしれませんが基本的には3凸したいところです。
神石は終盤装備みたいな物なので、フレ申請を通したい相手が無凸で使ってくれるかは微妙なところです。またマグナ2の実装によりマグナの方が強いかほぼ同じ強さになったため需要は減ったようにも思えます。

設定する石のおすすめ順は属性100以上の石>3凸神石>属性系60以上の石>神石>カツオ系>3凸マグナ石
(同ランク帯に申請を通したい場合)
高ランクの人の場合は120以上の属性石と神石どちらを欲しがってるか人によります。また60石よりは3凸マグナ石の方が良くなります。縛りになりやすいカツオ石やグランデは避けられる傾向になります。それと属性外の石を登録しないことも結構大事。

■課金石の凸方法
ガチャを引かなくても課金石が1つあれば古戦場の勲章報酬で貰える金剛石で可能です。
初心者には敷居が少々高いですが、少しずつでも集めると良いと思います。

所属団にもよりますが、古戦場の勲章も入手しやすくなりつつあります。
モチベがあるのならば多少程度のノルマがある団に入った方が育成は早くなるかと思います。どの程度稼げるか分からない場合など不安や相談があるならば団に入る前に募集主(大抵は団長か副団長)に確認しましょう。
(※2017年1〜3月に古戦場での勲章入手難度がやや低下、2017〜2018年にかけての修正で少量の入手はかなり楽になりました)
目安としてはノルマが楽(団内への自発数など)で予選A突破団を目標にしている団に入ると良いと思います。

ノルマのある団でもそれなりにプレイしていて、将来性があったり、頑張っていると認められればノルマに届かなくても、しばらくは残してもらえる可能性もあります。
ただし、そのような足切りの線引きは団によるので除名されても逆切れしないようにしましょう。

■各石の名前
火、水、土、風、光、闇の順

神石:アグニス、ヴァルナ、ティターン、ゼピュロス、ゼウス、ハデス

120石:シヴァ、エウロペ、ゴッドガード・ブローディア、グリームニル
光、闇で同一の物は無いが無理に入れるならルシフェル、バハムート。

上記12個の石が引けたら大当たりなのですぐに保護して無くさないように!