艦これでよく使われる分類です。
史実では他の所属している艦もありますし、異動などで次期により変化しています。
注釈の無いものは時期が違う可能性があります。(全ての艦が同時期に編成されていたとは限りません)

長いので続きから

【空母部隊】
この分類では護衛艦艇などの駆逐艦はあまり入らない(知られてない)。

■一航戦(第一航空戦隊)
赤城、加賀、(曙、潮、漣)


■二航戦
蒼龍、飛龍


■三航戦
鳳翔、瑞鳳、瑞鶴、(三日月)

→千歳、千代田


■四航戦
龍驤、祥鳳、準鷹

→伊勢、日向


■五航戦
翔鶴、瑞鶴、(朧、漣、秋雲)


【駆逐隊】
こちらも史実では再編成や異動が多いです。

■第二駆逐隊
夕立、村雨、五月雨、春雨

■第四駆逐隊
野分、舞風、嵐、萩風

■第五駆逐隊
朝風、春風、松風、旗風

■第六駆逐隊(正式:第一艦隊第一水雷戦隊第六駆逐隊)
暁、響、雷、電

■第七駆逐隊
朧、曙、漣、潮

■第八駆逐隊
朝潮、大潮、満潮、荒潮

■第十駆逐隊
漣、狭霧、暁 → 夕雲、巻雲、風雲、秋雲

■第十一駆逐隊
吹雪、白雪、初雪、深雪、(後に)叢雲

■第十四駆逐隊
(艦これラノベの編成)陽炎、曙、皐月、潮、霰、長月
※史実では戦前に解隊

■第十五駆逐隊
黒潮、親潮、早潮(未実装)、夏潮(未実装)、(後に)陽炎

■第十六駆逐隊
初風、天津風、時津風、雪風

■第十七駆逐隊
浜風、谷風、浦風、磯風、(後に)雪風

■第十八駆逐隊
霰、霞、陽炎、不知火

■第十九駆逐隊
磯波、綾波、敷波、浦波

■第二十一駆逐隊
初春、子日、若葉、初霜、(後に)霞、朝霜

■第二十二駆逐隊
皐月、文月、長月、水無月

■第二十四駆逐隊
海風、山風、江風、涼風

■第二十五駆逐隊
※戦前に改称

■第二十六駆逐隊
※戦前に解隊

■第二十八駆逐隊
※戦前に解隊

■第二十九駆逐隊
追風・疾風・朝凪・夕凪

■第三十駆逐隊
睦月、如月、弥生、卯月
(後に)望月、三日月、夕月、松風、秋風など

【水雷戦隊】
軽巡を旗艦とした数隻の駆逐艦による部隊。
主力部隊や輸送部隊の護衛を主任務とした。

■第一水雷戦隊
(太平洋戦争開幕時)
旗艦:阿武隈
暁、響、雷、電(第六駆逐隊)
浜風、谷風、浦風、磯風(第十七駆逐隊)
初春、子日、若葉、初霜(第二十一駆逐隊)
有明、夕暮、白露、時雨(第二十七駆逐隊)

(その他の主要部隊)
曙、潮(第七駆逐隊)
不知火、霞(第一八駆逐隊)

■第二水雷戦隊
華の二水戦。切り込み役の前衛部隊であるため練度が高く、廃統合が多い。

(太平洋戦争開戦時)
旗艦:神通
朝潮、大潮、満潮、荒潮(第八駆逐隊)
黒潮、親潮(第十五駆逐隊)
初風、天津風、時津風、雪風(第十六駆逐隊)
霰、霞、陽炎、不知火(第十八駆逐隊)
海風、江風、涼風(第二十四駆逐隊)
長波、高波(第三十一駆逐隊)


(その他の旗艦)
旗艦:長良、能代、霞、矢矧など


■第三水雷戦隊
旗艦:川内
吹雪、白雪、初雪、深雪(第十一駆逐隊)
磯波、綾波、敷波、浦波(第十九駆逐隊)

(その他の旗艦)
旗艦:夕張、名取


■第四水雷戦隊
旗艦:那珂
夕立、村雨、五月雨、春雨(第二駆逐隊)
朝潮、大潮、満潮、荒潮(第八駆逐隊)

(その他の旗艦)
旗艦:由良、長良

■第五水雷戦隊
旗艦:名取
朝風、春風、松風、旗風(第五駆逐隊)
皐月、文月、長月、水無月(第二十二駆逐隊)

(その他の旗艦)
旗艦:五十鈴

■第六水雷戦隊
旗艦:夕張
(第二十三駆逐隊)
追風・疾風・朝凪・夕凪(第二十九駆逐隊)
睦月、如月、弥生、卯月(第三十駆逐隊)